阿赖耶识，能藏、所藏、执藏，第八识之一名，位在异生有学，杂染粗重，无法发挥清净妙用。
    《解深密经》
    于六趣生死。彼彼有情堕彼彼有情众中。或在卵生。或在胎生。或在湿生。或在化生身分生起。于中最初一切种子。心识成熟展转和合增长广大。依二执受。一者有色诸根及所依执受。二者相名分别言说戏论习气执受。有色界中具二执受。无色界中不具二种。广慧。此识亦名阿陀那识。何以故。由此识于身随逐执持故。亦名阿赖耶识。何以故。由此识于身摄受藏隐同安危义故。



   《瑜伽师地论》
    云何建立阿赖耶识杂染还灭相。谓略说阿赖耶识是一切杂染根本。

    又即此阿赖耶识。能持一切法种子故。于现在世是苦谛体。亦是未来苦谛生因。又是现在集谛生因。如是能生有情世间故。能生器世间故。是苦谛体故。能生未来苦谛故。能生现在集谛故。当知阿赖耶识是一切杂染根本。

　　复次此杂染根本阿赖耶识。修善法故方得转灭。


    在罗汉或是七地菩萨以上，舍阿赖耶识名。
《瑜伽师地论》
    此识无始恒转如流乃至何位当究竟舍。阿罗汉位方究竟舍。谓诸圣者断烦恼障究竟尽时名阿罗汉。尔时此识烦恼粗重永远离故说之为舍。此中所说阿罗汉者通摄三乘无学果位。皆已永害烦恼贼故。应受世间妙供养故。永不复受分段生故。


《摄大乘论释》
      释曰。由是佛法摄持法身。今当显示。由清净者。谓由清净佛法摄持法身。如是法身证得清净由转何法。谓转阿赖耶识得法身故者。谓转灭彼阿赖耶识得法身清净。即法身清净说名清净。


《瑜伽师地论》
　  第一义建立者。谓唯无余依涅槃界中。是无心地。何以故。于此界中。阿赖耶识亦永灭故。所余诸位。转识灭故。名无心地。阿赖耶识未永灭尽。于第一义。非无心地。


    虽然此舍是舍名，而不舍第八识体，但第八识在此以后则不名阿赖耶识，因为唯识家为第八识进行了详细的名称分类。

《成唯识论》
     然第八识虽诸有情皆悉成就，而随义别立种种名，谓或名心，由种种法熏习种子所积集故。或名阿陀那，执持种子及诸色根令不坏故。或名所知依，能与染净所知诸法为依止故。或名种子识，能遍任持世出世间诸种子故，此等诸名通一切位。或名阿赖耶，摄藏一切杂染品法令不失故，我见爱等执藏以为自内我故；此名唯在异生有学，非无学位不退菩萨有杂染法执藏义故。或名异熟识，能引生死善不善业异熟果故，此名唯在异生、二乘、诸菩萨位，非如来地犹有异熟无记法故。或名无垢识，最极清净诸无漏法所依止故，此名唯在如来地有；菩萨二乘及异生位持有漏种可受熏习，未得善净第八识故。

    所以，法相宗所说阿赖耶识位在染位，不通净位。正如《摄大乘论释》所说：“转阿赖耶识得自性身，转诸转识得受用身”。
《成唯识论》也说：“经说真如是法身故。论说转去阿赖耶识得自性身。圆镜智品转去藏识而证得故。”（自性身就是法身，而法身就是清净如来藏。《成唯识论》“如是法身有三相别。一自性身。谓诸如来真净法界。受用变化平等所依。离相寂然绝诸戏论。具无边际真常功德。是一切法平等实性。即此自性亦名法身。”《佛说不增不减经》如来藏者即是法身。）


    同时，法相宗所说的如来藏，其范围也大于阿赖耶识。

阿赖耶识是心法之一：
《百法明门论》
一切法者，略有五种：一者、心法，二者、心所有法，三者、色法，四者、心不相应行法，五者、无为法。第一、心法略有八种：一、眼识，二、耳识，三、鼻识，四、舌识，五、身识，六、意识，七、末那识，八、阿赖耶识。

而如来藏是一切法、一切众生：
《摄大乘论释》
得一切有情平等心性者。遍见一切等无我故。如有说言。一切诸法皆如来藏。如是等。得一切菩萨平等心性者。得彼意乐平等性故。得一切佛平等心性者。得彼法身平等性故。此即名为菩萨见道者。

《摄大乘论释》
释曰。自性清净者。谓此自性本来清净。即是真如自性。实有一切有情平等共相。由有此故说一切法有如来藏。离垢清净者。即此真如远离烦恼所知障垢。即由如是清净真如显成诸佛。得此道清净者。谓能得此真如圣道即是清净。谓念住等菩提分法。及以一切波罗蜜多。生此境清净者。生此能证菩提分法所缘境界。生此境界即是清净故名生此境清净。即契经等十二分教。

《佛地经论》
若一切种清净慧眼恒不见秽。又净法界若无差别。一切种净则名一切如来法身。亦名如来真实体性。于一切时常无变故。由此法界一切有情心相续中平等有故。说如是言。一切有情是如来藏。一切有情皆有佛性。


    通过以上论述我们可以看到，如来藏在染位与阿赖耶识有联系（未必等同），在净位则与阿赖耶识不等。

虽然《密严经》说：“一切众生阿赖耶识。本来而有圆满清净。出过于世同于涅槃。譬如明月现众国土。世间之人见有亏盈。而月体性未尝增减。”
    此所指“清净圆满”明显是指“性未尝增减”而言，否则“见有盈亏”毫无意义。正如太虚大师所说：“事佛性，即在事用上有种种的功能，可能令众生转化而成佛。这是着重在可能性上讲，可能性即如唯识论讲的第八阿赖耶识中含藏有解脱生死趣向涅槃的佛性种子，这种子的功能，就是事佛性”。
    也就是说，阿赖耶识同于涅槃必然是指阿赖耶识清净本性而言，不是指阿赖耶识名相，换句话说，佛陀、高僧为了让众生明白众生有成佛的可能，说阿赖耶识虽然污秽但实际上能转污为净，而并不是说阿赖耶识不需要转净就是清净如来藏法身了。
    正如《密严经》后面所说：“了达于清净，赖耶不可得；赖耶若可得，清净非是常；如来清净藏，亦名无垢智”，所以“恶慧不能知，藏即赖耶识”指的不是阿赖耶识=如来藏，而是指“离开第八识别求真理”的外道。正是如此，才会有：“如金与指环，展转无差别”的说法。
    如果说阿赖耶识位通染净，那么法相宗的经论都成了妄语，这绝对不可能！
    所以《广百论释论》说阿赖耶识：“有情身中一一各有阿赖耶识”。
    但《大乘止观法门》说如来藏则是：“问曰。不空如来藏者。为一一众生各有一如来藏。为一切众生一切诸佛唯共一如来藏耶。答曰。一切众生一切诸佛。唯共一如来藏也”。
    因阿赖耶识偏粗重杂染，凡夫妄执内我。而如来藏境界清净本然，无始无终、非大非小、不内不外、非一非多。
   
    太虚大师总结阿赖耶识和如来藏的关系说：
    《大乘起信论略释》
    然阿黎耶识依不生灭与生灭和合立名，如云空海水波流也。和合识破，则生灭心相灭，不与生灭和合，则即不名为阿黎耶，而唯应名为如来藏。故亦说依如来藏心而有阿黎耶识，如云依空海水而有空海水波流也。一者指不觉生灭中之不生灭觉性，一者指不生灭觉内之不觉生灭相，故如来藏与藏识虽相即而非一也。
   
    此乃确论。