看过大藏经里的药师琉璃光如来本愿功德经，大家可能会有一个疑惑，为什么与流通本的药师经不同？为什么流通本的有药师咒而大藏经里的没有？其实古德在流通药师经时已经解答了此问题，让我们来看看印光大师所作的药师如来本愿功德经重刻序。
药师如来本愿功德经重刻序
印光法师增广文钞卷三
看过大藏经里的药师琉璃光如来本愿功德经，大家可能会有一个疑惑，为什么与流通本的药师经不同？为什么流通本的有药师咒而大藏经里的没有？其实古德在流通药师经时已经解答了此问题，让我们来看看印光大师所作的药师如来本愿功德经重刻序。
药师如来本愿功德经重刻序
印光法师增广文钞卷三
佛与众生之心体，了无少异。众生与佛之心相，天渊悬殊。相既悬殊，则由相所感之受用，亦悉悬殊矣。
众生的心性与佛无二无别，但是众生的心相却与佛的心相相差悬殊 （既所谓的本具佛性，但为无明妄想所覆）。心相既然相差悬殊，由心相所感得的受用自然也就相差悬殊了。
佛愍其体同而相用悬殊也，由是运无缘慈，兴同体悲，种种方便，以施济度。众生若知其相用虽殊而本体原同也，固当上慕诸圣，下重己灵，依教奉行，以期复本也。
佛陀怜悯众生本具佛性而其相用却与佛陀相差悬殊（如同乞人拥有摩尼宝珠而不知或不会利用），因此以没有分别的大慈悲，利用种种方便来度化众生。众生如果知道自己的相用虽然与佛相去甚远，但是其本体的佛性确实是无二无别的，因此应当本着仰慕佛陀，尊重自己的佛性之心，依照佛陀的教导来生活（修行），以期早日回复本来的面目。（如同乞人知道自己拥有摩尼宝珠后，应该学习使用它，以期摆脱贫困乞讨的生活）。
药师经者，世尊叙述东方净琉璃世界药师琉璃光如来，因行果德，显密摄化之功德也。
药师经是世尊（本师释迦牟尼佛）记述东方琉璃世界药师琉璃光如来的因行果德并其摄受度化众生的种种功德利益之事。
此经系唐玄奘译，文理畅顺。而八菩萨名，与说咒一段，二皆阙如。东晋帛尸梨蜜所译之大灌顶神咒经，第十二灌顶章句拔除过罪生死得度经，有八菩萨名。唐义净所译之药师琉璃光七佛本愿功德经，有说咒一段文，凡四百二十八字。三经实本一经，以流通已久，致贝叶脱简，各据所得之梵本以译耳。
流通本的药师经本是唐朝的玄奘法师所译，原伊的经典文理顺畅，但是却缺少了八菩萨名号与宣说药师咒的二段经文。东晋时候尸梨蜜法师番译的大灌顶神咒经，其第十二卷 - 灌顶章句拔除过罪生死得度经，就有八菩萨的名号。而唐朝义净法师翻译的药师琉璃光七佛本愿功德经，就有宣说药师咒的经文；此段经文一共四百二十八字。其实这三本经本是同一本经，因为流通久了，有些贝叶脱落了（古印度以贝为纸，经典起初既记载在贝叶上），以至三位法师所得到的梵本都不一样。
而药师如来拯拔初机，咒力居多。以故前人取帛尸译本八菩萨名，义净译本说咒一段添之，令文义周足。而药师如来救度众生之心，亦无遗憾。
而药师如来拯拔初机众生的方便，多靠药师咒的咒力。所以前人取帛尸法师译本的八菩萨名号一段，与义净法师译本宣说药师咒的一段，添入玄奘法师的译本来流通于世；如此一来，药师如来拯救众生的心意也就能圆满的显现出来了！
亦如法华之普门品重颂，华严之普贤行愿品。合之则称悦佛心，离之则有阙化导。
这就有如法华经普门品经尾的重诵偈文，八十华严经尾的普贤行愿品一样！（西晋竺法护法师所译的正法华经，里面的光世音普门品缺少了重诵的偈文，而东晋佛驮跋陀罗法师所译的六十华严却缺少了普贤行愿品）。这两段经文与玄奘法师的译本合起来就能圆满的显现药师佛救度众生的心意，分开的话对于药师佛化导众生的方便就有所缺陷了。
况此经此咒，举世受持。若不添入，则诵经者不蒙密咒利益，持咒者不知出自何经。前人此举，可谓契理契机。故数百年来，依之流通。
更何况举世的人都在诵持药师经和药师咒；如果不添入这二段经文，则诵药师经的人不能得到持药师咒的利益，持药师咒的人也不能知道此咒出自何经。前人这一举动可以说是契理契机。因此数百年来，流通药师经的人都按照这版本来流通。
张瑞曾居士，发心重刻。恐少知见者谓与藏本不同，致生疑虑。因略述源委，以期共知所以耳。
张瑞曾居士，发心重刻药师经（以前的印刷技术是需要刻在木板上先的）。恐怕阅读的人看见流通版的药师经与大藏经里的药师经不同而产生疑惑；因此略微的述说一下流通版药师经的来源始末，以期阅读的人都可以知道其所以然！
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